Cuando se habla de formatos de audio, lo primero que te viene a la mente es el reconocido MP3, casi dejando de lado las demás extensiones sonoras como E-AC3 y TrueHD.
De esta manera, para el tratamiento de este tipo de fichero, debes contar con eac3to, un software mediante el cual te permitirá pasarlos directamente a AC3 o FLAC.
Cuenta con este programa fuera de lo común, ya que la mayoría de los conversores de audio apuntan a la popularidad de MP3. Cabe destacar que eac3to realizará su trabajo de un modo eficiente para que, en sólo unos instantes, te brinde una pista de audio en AC3 o FLAC.
Adicionalmente, si deseas tratar los archivos demuxed E-AC3 necesitarás los siguientes filtros: Sonic HD Demuxer, DTS/DD+/AC3 source, Nero Audio Decoder 2 y filtro Dump.
No lo dudes más y descarga eac3to.